復旦大學附屬兒科醫院創建于1952年，系衛生部部署三級甲等醫院，是集醫、教、研為一體的綜合性兒童專科醫院，是全國兒科學重點學科、國家“211工程”和“985”工程建設單位，是最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授權點、臨床醫學（兒科學組）博士后流動站的單位。在中國最佳醫院專科排行榜中，綜合排名首次居全國兒童醫院榜首，兒內科繼續名列第一，兒外科繼續名列第二。多次被評為上海市文明單位。
　　醫院宗旨：一切為了孩子。醫院使命：建樹醫學典范，呵護兒童健康。醫院定位：立足上海、服務全國、輻射亞洲。醫院愿景：亞洲一流的兒童醫學中心，兒科醫學教育向全國輻射的中心，中外兒科學術交流的重要橋梁。醫院院訓：團結、奮進、嚴謹、創新。醫院理念：尊重、平等、熱情、關愛。
　　在各級政府的大力支持和關心下，2008年2月29日，座落于閔行區萬源路399號的新醫院經過將近4年的建設正式啟用，醫院主體從楓林路搬遷至新醫院，原址保留普通兒內科門診服務功能，以滿足周邊地區病人的需求。新醫院占地153畝，Ⅰ期建筑面積8萬多平方米，核定床位由原來的330張增至600張，現開放床位711張。截止2013年底，職工1396人，博士生導師30名，碩士生導師33名，高級職稱專家118人。
　　醫院開放床位71張，年門急診服務量逾221萬，出院病人突破3.5萬人次，住院手術近1.6萬。醫院專業設置齊全，共設45個臨床醫技科室，新生兒、重癥醫學科、小兒消化科、中醫兒科、新生兒疾病重點實驗室、小兒外科、臨床護理被確定為國家臨床重點專科。新生兒、外科、心血管、傳染病等專業曾先后被列為衛生部臨床學科重點專業。新生兒科是上海市醫學重點學科，兒科學是上海市重中之重重點學科，小兒外科是上海市小兒外科疑難重癥臨床醫學中心，呼吸急救專業是上海市醫學領先專業。
　　醫院科研實力雄厚，近10年來承擔470項科研課題，經費2億元。包括國家自然科學基金重點課題、衛生部臨床學科重點專業、國家“863”、“973”、“十一五”、“十二五”科技支撐計劃等重要項目。
　　2012年醫院啟動“騰飛計劃”（1125人才工程），利用985創新平臺、重大科技項目或海外特聘教授崗位等吸引海外著名學者來院開展科研合作，先后引入21位國內外知名教授作為雙聘PI。醫院有2個省部級重點實驗室，分別為衛生部新生兒疾病重點實驗室和上海市出生缺陷防治重點實驗室。
　　復旦大學上海醫學院兒科學系設在兒科醫院，每年承擔七個專業400余名醫學生的臨床教學與實習培養。已為全國各地培養進修醫生6000余名，每年培養長期進修學員200余名，每年培養短期參觀學習學員200余名。每年舉辦近30-40期國家級繼續教育學習班。做為上海市住院醫師規范化培養基地，每年培養30余名住院醫師，2012年做為上海市專科醫師培養基地開始進行專科醫師規范化的培養。每年培養博士研究生20余名，碩士研究生40余名.
　　醫院每年接待外賓講學、交流100余次。醫院先后與美國、加拿大等國家的20多個國際上知名的醫學機構和國內20多個單位建立密切協作關系。醫院平均每年主辦3次大型兒科國際學術會議，近兩年分別成功主辦孤獨癥研究國際合作發展論壇、第43屆太平洋小兒外科年會、第16屆國際兒科腎臟病大會。
　　近11年來(2003年-2013年)獲學科建設和科研項目共計286項，其中國家級課題121項，SCI收錄論文550篇（近4年來295篇），獲省部級以上獎項28項。并出版《實用新生兒學》、《小兒感染病學》、《現代實用兒科學》等十余部重要專著。主辦《中國兒科循證雜志》進入國家核心期刊，并與美國兒科學會協作主辦《Pediatrics中文版》。
　　兒科人以“一切為了孩子”為宗旨，以“團結、奮進、嚴謹、創新”的院訓勉勵自己，貫穿“以人為本”的服務理念，構建和諧穩定的醫院文化，營造規范有序的良好氛圍，在全國享有較高的聲譽。