福建醫科大學附屬第二醫院、第二臨床醫學院是泉州地區現代醫學的發祥地，是我省主要的醫療、教學、科研基地之一，是閩南地區最早的一所三級甲等綜合性醫院及博士、碩士研究生學位授權點單位。醫院始建于1881年，為英國教會醫院，原名“惠世醫院”，解放后，改為晉江專區第二醫院。1973年升格為福建醫科大學附屬第二醫院。2000年成為福建醫科大學第二臨床醫學院，2002年成為福建醫學會風濕病學分會主任委員單位。

　　福建醫科大學附屬第二醫院倡導科學精神與人文精神相結合的治院方略，歷來以外科技術精湛著稱，上世紀四、五十年代率先在泉州地區開展大、中型外科手術，并為泉州地區培養了大批醫學骨干力量。近二十年來，內科領域在相關學科帶頭人開拓領導下，學科建設長足發展，多個二級專業躍入省內先進水平，其中自身免疫風濕病專業省內領先。現任院長是我省自身免疫風濕病學科帶頭人、博士生導師、國家衛生部有突出貢獻中青年專家。

　　福建醫科大學附屬第二醫院原址地處歷史文化名城---僑鄉泉州，占地僅約25畝，建筑面積48285平方米，病床編制970張，在職職工1120人，高級職稱人員270人，有衛生部有突出貢獻中青年專家1人、國務院特殊津貼專家5人，擔任專業學會主任委員1人，各專業學會副主任委員（副會長）20人;占地142.6畝、床位1000張的“東海院區”按總體規劃、分步實施的原則實施建設，一期工程已實行代建制，計劃2010年底完工投入使用。

　　福建醫科大學附屬第二醫院臨床、醫技科室齊全，在免疫內科、呼吸內科、心血管內科、腎臟內科、泌尿外科、內分泌科、骨科、耳鼻喉科、影像介入科、普外科、胸心血管外科、婦產科和眼科等專科尤為專長，其中自身免疫病的診斷和治療、腹部介入超聲、呼吸介入技術、心血管超聲診斷技術、微創外科技術達到省內領先或國內先進水平。醫院擁有核磁共振成像系統（MRI）、數字減影血管造影機(DSA)、螺旋CT、數字化胃腸造影機、流式細胞儀、PCR儀、彩色多普勒超聲心動圖、腹部彩色超聲波、血液透析機、體外循環機、電子直線加速器、數字高頻攝片機、骨密度儀、乳腺鉬靶、體外震波碎石機、神經電生理檢查儀、電子胃鏡、電子腸鏡、電子支氣管鏡等先進儀器設備。優秀的人才、精良的設備和完備的醫學專科為廣大民眾提供了全方位的醫療、保健服務，醫院目前年門診量超70萬人次、住院量3萬多人次、完成各類手術1.6萬余臺。

　　作為福建醫科大學第二臨床醫學院及省級醫學繼續教育基地之一，設有13個醫學教研室，現有正、副教授91人，博士研究生導師4人、碩士研究生導師36人，1998年開始招收全國統招碩士研究生、2003年開始招收全國統招博士研究生，迄今共招收博、碩士研究生201名，目前在院研究生、本科生近300人。

　　福建醫科大學附屬第二醫院還依托自身免疫病研究室、介入超聲研究室、肝膽研究二室、耳鼻喉研究三室、手外科研究室、糖尿病研究室、腎病研究室、骨科生物力學研究室、睡眠呼吸研究室等9個研究室和科研中心，倡導“創新、求實、嚴謹、規范”實驗室室訓，大力開展醫學科學研究，1997年以來共有59項科研成果獲得醫學科學技術進步獎，173項研究項目得到政府或研究基金的資助。

　　1981年，經省政府批準，醫院在本省率先建立華僑門診、華僑病區。二十多年來接受大量來自美國、日本、新加坡、菲律賓、印度尼西亞、香港、臺灣及其他東南亞地區的病人。愛國僑胞熱心桑梓、慷慨解囊為醫院的建設作出了積極的貢獻。福建醫科大學附屬第二醫院歷任領導及全體同仁都非常珍視廣大僑胞及社會各界對該醫院的關愛及支持。