第三師醫院是一所集醫療、教學、科研為一體的地區二級甲等綜合性醫院。醫院設置臨床科室17個，有普外一科（普通外科）、普外二科（腫瘤外科）、骨一科（脊柱、顱腦）、骨二科（創傷骨科）、泌尿外科、婦科、產科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、心臟內科、神經內科、消化內科、內分泌內科、中西醫科、小兒科、急診科。　　醫技科室9個，有檢驗科、放射科、特檢科、藥劑科、病理科、理療科、門診部、設備科、手術麻醉科。機關職能科室12個。醫院現擁有東芝1.5T核磁共振、飛利浦16排螺旋CT、飛利浦數字化X線成像系統（DR）、飛利浦數字化血管減影機（C型臂）、飛利浦數字減影血管造影機（DSA）、VividS6彩色多普勒超聲儀、飛利浦IE33彩色多普勒超聲儀、奧林巴斯電子胃腸鏡、奧林巴斯支氣管鏡、膽道鏡、COBASe411電化學發光圈子的免疫分析儀、美國強生350干化學分析儀等大型醫療設備。　　醫院目前已建立3套遠程醫療系統，分別是全軍影像學遠程醫療平臺；兵團醫院和石河子醫學院附屬醫院的遠程醫療平臺。并先后與衛生部中日友好醫院、解放軍154醫院、廣東中山市、東莞市相關醫院建立了對口支援關系；與兵團醫院、石河子一附院、新疆醫學院、自治區腫瘤醫院、自治區中醫院等醫院建立了良好的協作關系。　　醫院目前可在腹腔鏡下開展，膽道造影、膽囊切除術、闌尾切除術、腹腔探查術、腔鏡下甲狀腺腫瘤切除術、腔鏡下疝修補術（成人、小孩）、腔鏡輔助直結腸腫瘤根治術、重度痔瘡采用痔上粘膜環切術(PPH)、次全子宮切除、宮外孕――孕囊摘除術、卵巢囊腫、子宮肌瘤剔除術、絕育術、輸卵管傘端再通術，腹腔鏡下全子宮切除術、附件手術、宮頸癌根治術。　　醫院外科在肝膽疾病方面開展了肝葉切除術及部分肝切除術治療肝臟占位性病變、肝包蟲外囊切除術、內囊切除術、肝內膽管結石切開取石術、高位膽管癌梗阻近端左肝管T管引流術、乳腺癌前哨淋巴結活檢術、食管癌二切口、三切口根治術、肺癌根治術等。　　醫院骨科在顱腦外科方面開展了微創鉆孔引流術、開顱血腫清除術一千例，人工髖膝關節置換術一千例、率先在喀什地區完成人工肘關節置換術三例，關節鏡手術已走在本地區的前列。近二十年完成脊柱結核，脊柱壓縮性骨折，頸椎病、腰間盤突出、腰椎滑脫及脊柱退變等手術近3000例。微創的經皮椎體成形術，對老年人壓縮性脊柱骨折具有創傷小、恢復快的優點。同時開展轉移皮瓣治療皮缺損及開放性骨折等，在治療骨髓炎等方面也有很豐富的經驗。　　醫院婦產科新開展了盆底重建術，使子宮脫垂和陰道前后壁脫垂的患者有了更好的治療。電子陰道鏡、電子宮腔鏡檢查術及宮腔鏡下宮頸電切、宮腔病變電切術、會陰、宮頸聚焦治療技術等、中藥灌腸后超短波治療盆腔炎，在不孕不育的治療方面也取得了一定成果，以及在陰道縮窄術、陰式全子宮切除術、不開刀藥物保守治療宮外孕等取得良好效果，在喀什地區處于領先地位。　　醫院心內科成功開展了經皮穿刺冠狀動脈造影及支架置入術、經橈動脈途徑冠脈介入診療術、急診PCI術、主動脈內球囊反搏術、臨時及永久起搏器植入術、電生理檢查及射頻消融術等復雜難度較高的心血管介入手術。對冠心病、急性心肌梗死、心源性休克、心律失常、心力衰竭、高血壓、心包炎、心肌炎、心肌病等心血管疾病具有較高的診療水平。　　近十年來醫院與美國“微笑列車”慈善項目合作，免費為喀什地區1200余名唇腭裂患者成功實施手術治療，引起社會的強烈關注。　　第三師醫院始終堅持“救死扶傷，守護邊疆人民健康”的宗旨，發揚艱苦奮斗的軍墾精神，不斷提高醫療質量，創新醫療服務，倡導人文關懷，努力為病人提供全程、全方位的優質服務。始終本著“團結誠實、優質高效、患者至上、追求卓越”的醫院精神，堅持社會效益第一，充分體現公益性的辦院方向，努力打造成為“服務好、質量好、醫德好，群眾滿意”的喀什地區醫療服務質量一流的綜合性醫院。　　同時醫院堅持十萬助學，共建三師醫院。