廈門市中醫(yī)醫(yī)院正式成立于1956年11月，是全國首批示范性中醫(yī)醫(yī)院、福建中醫(yī)學院附屬醫(yī)院、北京中醫(yī)藥大學廈門臨床醫(yī)學院，是一所集中醫(yī)醫(yī)療、教學、科研為一體的綜合性中醫(yī)醫(yī)院。廈門中山醫(yī)院現(xiàn)有職工上千名，其中主任、副主任醫(yī)師150多名，享受國務(wù)院特殊津貼專家4名，碩士生導師15名，全國名老中醫(yī)6名。設(shè)有床位900張（其中總院址設(shè)600張床位，南區(qū)設(shè)300張床位）。醫(yī)院占地面積7.25萬m2，建筑面積9.6萬m2，年門診量百萬人次，年出院病人1.6萬人次，是目前福建省規(guī)模最大的綜合性中醫(yī)醫(yī)院。廈門中山醫(yī)院現(xiàn)有48個臨床、醫(yī)技科室，12個臨床教研室。綜合功能完善，中醫(yī)特色鮮明。擁有了一批中西醫(yī)結(jié)合、綜合實力較強的重點專科，形成了具有中醫(yī)特色的優(yōu)勢學科群。廈門市四大醫(yī)學中心之一的肝病中心為國家級重點專科；脾胃專科的慢性胃炎是國家中醫(yī)藥管理局重點專病；同時擁有兩個福建省重點專科——肛腸（痔瘡）病治療中心及糖尿病專科；還有中西醫(yī)結(jié)合兒科、中西醫(yī)結(jié)合膽胰專科、中西醫(yī)結(jié)合骨關(guān)節(jié)病專科是福建省重點專科建設(shè)單位。廈門中山醫(yī)院醫(yī)療設(shè)施先進，配置了螺旋CT、西門子800MAＸ光機、貝克曼自動生化分析儀、東芝無暗盒遙控X線機、電子腹腔鏡、核磁共振、DR等價值上億元的大型精密設(shè)備，擁有兩個達到部頒二級標準的PCR實驗室。廈門中山醫(yī)院搬遷后，原江頭分院成為肝病中心、肛腸病中心及骨關(guān)節(jié)病中心，設(shè)床位300張，加強了醫(yī)院重點專科的建設(shè)力度。同時為方便老市區(qū)市民就診，廈門中山醫(yī)院在舊市中心的禾祥東路設(shè)立“廈門市中醫(yī)院禾祥東門診部”，以老中醫(yī)專家為主，原離退休專家門診全部遷至禾祥東門診部。為充分利用合理配置中醫(yī)藥資源，應(yīng)用中醫(yī)藥技術(shù)和方法，不斷拓展中醫(yī)藥服務(wù)領(lǐng)域，增強中醫(yī)藥綜合服務(wù)能力，廈門中山醫(yī)院依托社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)網(wǎng)絡(luò)，設(shè)立了廈門市首家由三級醫(yī)院承辦的“興隆社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)站”，并與禾山街道社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心、江頭街道社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心、湖里街道社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心等建立雙向轉(zhuǎn)診制度，做到“小病在社區(qū)，大病進醫(yī)院”，充分發(fā)揮市中醫(yī)院和社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)功能，以比較低廉的費用，提供較優(yōu)質(zhì)的衛(wèi)生服務(wù)，滿足社區(qū)居民基本醫(yī)療需求。為弘揚祖國傳統(tǒng)醫(yī)學，拓展廈門市對海內(nèi)外僑胞的服務(wù)與定位，推進閩西南醫(yī)療衛(wèi)生中心的建設(shè)，在廈門市政府、廈門市衛(wèi)生局、廈門市僑聯(lián)等相關(guān)單位的支持下，2004年3月底，經(jīng)省衛(wèi)生廳批準，廈門市中醫(yī)院加掛“廈門華僑醫(yī)院”的牌子。2005年，廈門中山醫(yī)院又與我國中醫(yī)藥界一流高等學府——北京中醫(yī)藥大學攜手，成立了“北京中醫(yī)藥大學廈門臨床醫(yī)學院”。北京中醫(yī)藥大學將在校的港澳臺學生送往廈門完成部分基礎(chǔ)課和臨床課的學習，這就有利于充分發(fā)揮廈門對港、澳、臺的交流優(yōu)勢，有利于把祖國最優(yōu)秀的中醫(yī)藥技術(shù)資源輻射到海峽對岸。2006年5月，廈門中山醫(yī)院借搬遷新址之際設(shè)立了“港澳僑臺胞診療中心”，為港澳僑臺胞提供更加完善的服務(wù)。為了給廈門市貧困歸僑就醫(yī)提供經(jīng)濟支持，在廈門市僑聯(lián)的倡議下，在廈門香港聯(lián)誼總會的大力支持下，醫(yī)院還設(shè)立了“廈門華僑醫(yī)院歸僑醫(yī)療救助基金”，接受海內(nèi)外熱心于慈善事業(yè)的單位、團體及個人的捐款。