廈門市第二醫(yī)院的前身是1898年創(chuàng)立于鼓浪嶼的教會“救世醫(yī)院”。1998年7月，廈門市第二醫(yī)院與海滄醫(yī)院合并。2003年11月，與集美醫(yī)院合并，并將總部由鼓浪嶼遷至集美，成為廈門市島外最大的綜合性醫(yī)院，目前醫(yī)院擁有集美和海滄兩個院區(qū)。2004年加掛“嘉庚醫(yī)院”的牌子，提高了與海外的交流力度。實際開放床位502張，二期將再開放400張以上床位，2007年初床位達900余張。

　　廈門市第二醫(yī)院現(xiàn)有職工918人，其中專業(yè)技術人員754人，高級職稱89人，中級職稱160人，碩士以上30人，博士7人。醫(yī)院年門診量55萬人次，年出院病人1.7余萬人次，年手術量6000余臺。

　　廈門市第二醫(yī)院開設17個臨床科室和7個醫(yī)技科室，部分專科已達到“三級甲等”醫(yī)院重點專科水平：市呼吸疾病診治中心（肺科）、血液凈化（腎內科）、腔鏡診療科、心腦血管病診療科、婦產科、泌尿外科、骨科、兒科、消化內科等飲譽廈門乃至省內外，其中，市呼吸疾病診治中心（肺科）為我市重點學科，職業(yè)病防治、中毒救治專科以及婦科腔鏡專科為我市規(guī)劃重點專科。

　　廈門市第二醫(yī)院在閩南地區(qū)率先開展電視腹腔鏡行膽囊切除的微創(chuàng)手術以來，累計開展各類微創(chuàng)診療項目百余項，成功地完成各類高難度的微創(chuàng)治療手術10000多例，手術例數(shù)、技術難度均為全省前列，其中相當多數(shù)項目的技術水平已經達到國內先進，部分項目填補了省內、市內空白。自1997年以來，先后有三項科研課題分別獲得省市科技進步二、三等獎。近幾年來，我院腔鏡系列手術在普外、胸外、泌尿外、婦科等方面取得快速發(fā)展，已形成多學科微創(chuàng)診療體系。隨著ICU、神經外科的成立，創(chuàng)傷救治已成為醫(yī)院的重點品牌之一。

　　廈門市第二醫(yī)院擁有全國首臺氣道超聲設備和氣道冷激發(fā)試驗設備、廈門首臺雙屏幕纖維支氣管鏡設備、日本超細（直徑0.5厘米）電子鼻胃鏡、閩南首臺小巨人體外震波碎石機、激光（雙頻雙脈沖）碎石機，擁有腔鏡外科全套設備及氣壓彈道碎石系列設備，西門子800毫安、島津800毫安X線機，貝克曼全自動大型生化分析儀，瑞典金寶系列血液透析機，原裝進口彩超，數(shù)字胃腸X光機，等離子前列腺汽化電切儀，電子顯微鏡，柯達DR，先進的四排及雙排全身螺旋CT等醫(yī)療設備。