廈門市第三醫院創建于1920年，前身為廈門市同安醫院，是一所歷史悠久、集醫療、科研、教學、預防、保健為一體的綜合性“三級乙等醫院”、“省級文明醫院”、“國家級愛嬰醫院”、“國際緊急救援網絡醫院”和“福建省道路交通傷員救治定點醫院”。隨著廈門市建設海灣型城市的實施和廈門市政府關于廈門市衛生資源調整優化配置意見，我院將新建一所占地123.69畝，設病床1100張的現代化新型三級醫院；首期投資1.6億元，設病床550張，總建筑面積6萬平方米，現已建成并將于2005年正式投入使用。新醫院環境優美、醫療設施先進，門診、辦公、醫技、住院樓、學術交流會議廳、信息中心、實驗樓應有盡有。配備呼叫、電話、網絡、智能化、人性化設施，病人可在醫院里上網、購物，享受賓館式的服務。
　　廈門市第三醫院現有在職職工780余人，其中高級職稱68人，中級職稱280人，有博士、碩士學歷人員20余人。年門、急診量40余萬人次，年收住院1.5萬人次，年手術3000余人次，業務量處于廈門市第三位。醫院還承擔著福建醫科大學、福建中醫學院、莆田學院等醫學院校的醫學教學任務。
　　廈門市第三醫院科室齊全。現有臨床一、二級學科和醫技科室37個。設有消化內科、呼吸內科、心血管內科、干部病房、內分泌科、腎內科、神經內科、血液科、腫瘤內科、普外科、神經外科、胸心外科、泌尿外科、骨科、腫瘤外科、眼科、耳鼻咽喉頭頸外科、婦產科、兒科、中醫科、皮膚科、康復科、口腔科、放射治療科、手術麻醉科、急診科、放射科（含CT、DSA、磁共振）、功能檢查科、檢驗科、病理科、高壓氧科、藥劑科等科室，其中腫瘤科、心血管內科、神經內科、神經外科、婦產科、骨科為我院優勢科室。醫院設有腫瘤中心、腔鏡中心、創傷中心等多個醫學中心以及遠程會診中心、“120”急救網絡系統和計算機網絡管理系統等；形成了院外急救、院內搶救、急診速救和監護治療等綜合配套的體系網絡，其綜合搶救、治療實力在島外處于領先地位，部分醫療項目達到省級醫院水平。隨著廈門市建設海灣型城市構想的實施和廈門市政府關于廈門市衛生資源調整優化配置意見，廈門市第三醫院已被市政府列為重點發展醫院之一。發揮區位優勢，致力于打造成閩西南具有影響的市級三大醫學中心（創傷救治中心、腔鏡治療中心、腫瘤治療中心）和一個市級重點學科（心腦血管科），立足本地，輻射周邊地區，為更多的患者提供優質的、便捷的服務。
　　廈門市第三醫院設備先進。擁有模擬定位機、鈷60治療機、螺旋CT、1.5T磁共振、數字化乳腺X光機、彩色B超、彩色多普勒、24小時動態心電血壓分析系統、全自動生化分析儀、血氣分析儀、腹腔鏡、胸腔鏡、腦室鏡、關節鏡、超細電子胃鏡、電子支氣管鏡、高壓氧艙、ICU、數字減影X光機（DSA）、數字攝片機（DR）、COBESpectra血液成分分離機、庫爾特血液凝集儀、流式細胞儀、超高倍顯微鏡及細菌培養的全套先進醫療設備。
　　廈門市第三醫院重視開展新技術、新業務，形成了崇尚科學、注重科學的優良傳統。近年來，全院共有26個科室，96項科研成果獲省、市、區科技成果獎；發表論文近千篇。